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    外泌体UMI small RNA测序(10M)

    外泌体及其他微量、降解样本;建库测序20个工作日,生信分析10个工作日

    售价:

    ¥ 0

    型号:

    exosome smallRNA seq-10M

    exosome smallRNA seq-10M

    品牌:

    SANGSHAI

    kg

    质保期:

    -

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      • 商品名称: 外泌体UMI small RNA测序(10M)
      • 商品编号: exosome smallRNA seq-10M
      • 品牌: SANGSHAI
      • 型号: exosome smallRNA seq-10M
      • 质保期: -
      • 应用: 生信分析
      • 类型: 其他
      • 国别: 中国

      外泌体及其他微量、降解样本;建库测序20个工作日,生信分析10个工作日

       

       

      一、产品简介



             UMI Small RNA测序,文库构建时引入特异性分子标签(UMI),结合高通量测序,研究某物种某组织在特定时空状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息,实现绝对定量,通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、预测、靶基因分析和功能分析, 以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等。主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等;在疾病研究方面,可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。

       

       

      二、研究内容

       

       

              对富集到的18-30nt的小RNA片段进行测序,对获得的有效数据进行序列长度分布统计,将筛选后的高质量序列分类注释,从而获得样品中包含的各组分及表达量信息,并对所有小RNA片段进行注释,对miRNA进行靶基因预测等分析。

       

      一、标准分析

      1、数据产出统计,对原始信息采集数据去接头污染,去低质量reads         

      2、18-30 nt Small RNA 信息采集结果的长度分布         

      3、Small RNA在选定的参考基因组上的分布(只能选定一个参考基因组)

      4、Small RNA分类注释

      ①Small RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息   

      ②Small RNA与重复序列的比对信息

      ③Small RNA与exon/intron的比对信息    

      ④Small RNA与miRBase中指定范围的已知的miRNA的比对

      ⑤miRNA家族分析

      ⑥动物保守piRNA注释分析(分析仅针对数据库中已有的物种:人、小鼠、斑马鱼、线虫、果蝇、大鼠、鸡、家蚕)

      5、Small RNA预测(miRNA/siRNA/piRNA)

      6、已知和新Small RNA 定量分析(miRNA/siRNA/piRNA)

      7、已知和新Small RNA差异表达分析(miRNA/siRNA/piRNA)

      8、已知和新miRNA表达/差异表达聚类分析

      9、Small RNA 靶基因预测(miRNA/siRNA/piRNA)

      10、差异Small RNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析

       

      二、高级分析

      1、差异miRNA与差异靶基因的相关性分析;

      2、差异miRNA与差异靶基因互作网络绘制;

      3、互作靶基因功能富集分析(KEGG和GO);

       

      三、定制化信息分析

      可结合客户的材料与需求,协商确定定制化信息分析内容。
       

       

      三、案例解析

       

       

      疾病miRNA表达谱——microRNA分析揭示IL1途径在风湿性心脏瓣膜病中潜在增强

      Comprehensive microRNA profiling reveals potential augmentation of the IL1 pathway in rheumatic heart valve disease[J]. BMC cardiovascular disorders, 2018, 18(1): 53.

      研究摘要

              心脏瓣膜病是心血管病死亡的主要原因,中国尤甚,超过一半的心脏瓣膜病是由急性风湿热引起,但心脏瓣膜病的miRNA谱未知。本次研究采用4例风湿性心脏病患者(2例中度,2例重度)和1例健康人对照的血清样本进行高通量测序,患者中共有的下调miRNA 91个,上调miRNA 13个。进行靶基因和功能预测后,选取9个miRNA利用qRT-PCR做大样本验证。在40例患者(20例中度,20例重度)和20例健康人中,发现2个miRNA(hsamiR-205-3p和hsa-miR-3909)分散度低,风湿性心脏病患者显著降低,先天性心脏病患者与健康人无明显改变。预测hsamiR-205-3p靶向IL-1β,hsa-miR-3909靶向IL1R1,并利用荧光素酶测定验证miRNA抑制靶基因表达。免疫组化测定靶基因编码蛋白的表达量,得出在风湿性心脏病患者中比在先天性心脏病患者中IL-1β、IL1R1 的表达量更高。

      研究结果

      23

      图1  患者中共有的91个下调miRNA、13个上调miRNA靶基因功能分析。

      4

      图2  9个miRNA利用qRT-PCR进行大样本验证。

      5

      图3  IL-1β、IL1R1在风湿性心脏病患者中比在先天性心脏病患者中表达量更高。

      关键词:
      • UMI Small RNA测序
      • 高通量测序

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