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上海桑晒生物科技有限公司

SHANGHAI SUNSHINE BIOTECH CO.，LTD.

PCR仪凝胶成像系统细胞计数仪切胶仪电子冰盒

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外泌体UMI small RNA测序(10M)

外泌体及其他微量、降解样本；建库测序20个工作日，生信分析10个工作日

售价：

¥ 0

型号：

exosome smallRNA seq-10M

品牌：

SANGSHAI

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产品描述
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- 商品名称: 外泌体UMI small RNA测序(10M)
- 商品编号: exosome smallRNA seq-10M
- 品牌: SANGSHAI
- 型号: exosome smallRNA seq-10M
- 质保期: -
- 应用: 生信分析
- 类型: 其他
- 国别: 中国
外泌体及其他微量、降解样本；建库测序20个工作日，生信分析10个工作日

一、产品简介

       UMI Small RNA测序，文库构建时引入特异性分子标签（UMI），结合高通量测序，研究某物种某组织在特定时空状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息，实现绝对定量，通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、预测、靶基因分析和功能分析，以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等。主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等；在疾病研究方面，可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。

二、研究内容

对富集到的18-30nt的小RNA片段进行测序，对获得的有效数据进行序列长度分布统计，将筛选后的高质量序列分类注释，从而获得样品中包含的各组分及表达量信息，并对所有小RNA片段进行注释，对miRNA进行靶基因预测等分析。

一、标准分析

1、数据产出统计，对原始信息采集数据去接头污染，去低质量reads

2、18-30 nt Small RNA 信息采集结果的长度分布

3、Small RNA在选定的参考基因组上的分布(只能选定一个参考基因组)

4、Small RNA分类注释

①Small RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息

②Small RNA与重复序列的比对信息

③Small RNA与exon/intron的比对信息

④Small RNA与miRBase中指定范围的已知的miRNA的比对

⑤miRNA家族分析

⑥动物保守piRNA注释分析(分析仅针对数据库中已有的物种：人、小鼠、斑马鱼、线虫、果蝇、大鼠、鸡、家蚕)

5、Small RNA预测(miRNA/siRNA/piRNA)

6、已知和新Small RNA 定量分析(miRNA/siRNA/piRNA)

7、已知和新Small RNA差异表达分析(miRNA/siRNA/piRNA)

8、已知和新miRNA表达/差异表达聚类分析

9、Small RNA 靶基因预测(miRNA/siRNA/piRNA)

10、差异Small RNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析

二、高级分析

1、差异miRNA与差异靶基因的相关性分析；

2、差异miRNA与差异靶基因互作网络绘制；

3、互作靶基因功能富集分析（KEGG和GO）；

三、定制化信息分析

可结合客户的材料与需求，协商确定定制化信息分析内容。

三、案例解析

疾病miRNA表达谱——microRNA分析揭示IL1途径在风湿性心脏瓣膜病中潜在增强

Comprehensive microRNA profiling reveals potential augmentation of the IL1 pathway in rheumatic heart valve disease[J]. BMC cardiovascular disorders, 2018, 18(1): 53.

研究摘要

  心脏瓣膜病是心血管病死亡的主要原因，中国尤甚，超过一半的心脏瓣膜病是由急性风湿热引起，但心脏瓣膜病的miRNA谱未知。本次研究采用4例风湿性心脏病患者（2例中度，2例重度）和1例健康人对照的血清样本进行高通量测序，患者中共有的下调miRNA 91个，上调miRNA 13个。进行靶基因和功能预测后，选取9个miRNA利用qRT-PCR做大样本验证。在40例患者（20例中度，20例重度）和20例健康人中，发现2个miRNA（hsamiR-205-3p和hsa-miR-3909）分散度低，风湿性心脏病患者显著降低，先天性心脏病患者与健康人无明显改变。预测hsamiR-205-3p靶向IL-1β，hsa-miR-3909靶向IL1R1，并利用荧光素酶测定验证miRNA抑制靶基因表达。免疫组化测定靶基因编码蛋白的表达量，得出在风湿性心脏病患者中比在先天性心脏病患者中IL-1β、IL1R1 的表达量更高。

研究结果

图1 患者中共有的91个下调miRNA、13个上调miRNA靶基因功能分析。

图2 9个miRNA利用qRT-PCR进行大样本验证。

图3 IL-1β、IL1R1在风湿性心脏病患者中比在先天性心脏病患者中表达量更高。
关键词:
- UMI Small RNA测序
- 高通量测序