产品分类
SBC ceRNA芯片
售价：
¥ 0
型号：
SBC ceRNA芯片
SBC ceRNA芯片
品牌：
SANGSHAI
kg
质保期：
-
kg
-
尺码
- S
- M
- XL
- XXL
-
颜色较长
-
红
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粉
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蓝蓝蓝蓝蓝
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黑色黑色黑色黑色
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- 产品描述
- 技术参数
- 配置清单
- 其他资料
-
- 商品名称: SBC ceRNA芯片
- 商品编号: SBC ceRNA芯片
- 品牌: SANGSHAI
- 型号: SBC ceRNA芯片
- 质保期: -
- 应用: 生信分析
- 类型: 其他
- 国别: 中国
SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。
一、产品简介
SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。二、研究内容
环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncRNA研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？SBC ceRNA芯片是一个“全转录组+”产品，不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA（ceRNA），竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在， ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。
基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：
· 芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
· lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
· circRNA具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA，不能同时检测多种RNA。SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。
芯片设计策略：
设计收录了circBase数据库的circRNA信息，并针对circRNA反向剪接位点设计特异性circRNA探针。
LncRNA同样收录自最新数据库和高质量文献报道，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中的表达量的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb 收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。
基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA、 circRNA和lncRNA。
Human ceRNA芯片设计流程图
探针设计策略
芯片特点：
· 一箭三雕 - 可同时检测circRNA、lncRNA和mRNA
· circRNA探针设计在反向剪接位点，特异性强
· 技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA
· 实验周期短，数据分析方法成熟、快速
· 收录lncRNA、circRNA全面、可靠，并及时更新
· 功能机制预测，为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考，包括：
高保守lncRNA；lncRNA结合蛋白预测；lncRNA生物学功能预测；lncRNA亚细胞定位；疾病相关lncRNA预测；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相关circRNA预测。
芯片技术参数：
物种
芯片名称
格式
circRNAs
lncRNA transcripts
Super enhancer lncRNAs
coding transcripts
数据库来源
人
SurePrint G3 Human ceRNA Microarray
4x180K
84569
72002
17652
18793
NCBI、UCSC、Ensembl、Gencode、lncpedia、lncrnadb、NONCODE、circBase
小鼠
SurePrint G3 Mouse ceRNA Microarray
4x180K
49175
78264
8024
21611 NCBI、UCSC、Ensembl、lncrnadb、NONCODE、RNAcentral、circBase、circpedia、TSCD
样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠
关键词:- SBC ceRNA芯片
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