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    SBC ceRNA芯片

    SBC是国内最早从事基因芯片研发,也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验,结合lncRNA、circRNA分子特点,专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产,技术重复性高于99%。

    售价:

    ¥ 0

    型号:

    SBC ceRNA芯片

    SBC ceRNA芯片

    品牌:

    SANGSHAI

    kg

    质保期:

    -

    kg

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      • 商品名称: SBC ceRNA芯片
      • 商品编号: SBC ceRNA芯片
      • 品牌: SANGSHAI
      • 型号: SBC ceRNA芯片
      • 质保期: -
      • 应用: 生信分析
      • 类型: 其他
      • 国别: 中国

      SBC是国内最早从事基因芯片研发,也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验,结合lncRNA、circRNA分子特点,专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产,技术重复性高于99%。

       

      一、产品简介



         SBC是国内最早从事基因芯片研发,也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验,结合lncRNA、circRNA分子特点,专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产,技术重复性高于99%。

       

       

      二、研究内容

       

      环状RNA(circRNA)在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员,lncRNA研究也正如火如荼,复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径?SBC  ceRNA芯片是一个“全转录组+”产品,不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果,为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA),竞争性结合miRNA,从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在, ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。


      基因芯片作为一个成熟的技术平台,二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测,基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势:



      · 芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比,芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小,更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率,提高测序深度可能引起可靠性的下降。

      · lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置,RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计,检测更特异。

      · circRNA具有特殊的环状结构,但其线性序列和线性基因难以区分,需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA,不能同时检测多种RNA。

       

      SBC是国内最早从事基因芯片研发,也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验,结合lncRNA、circRNA分子特点,专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产,技术重复性高于99%。

       

      芯片设计策略:

       

      设计收录了circBase数据库的circRNA信息,并针对circRNA反向剪接位点设计特异性circRNA探针。


      LncRNA同样收录自最新数据库和高质量文献报道,去除冗余,并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq,RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中的表达量的lncRNA,HGNC收录及lncRNAdb 收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。


      基于earray软件设计探针,并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check,保证探针高特异性区分mRNA、 circRNA和lncRNA。

      Human ceRNA芯片设计流程图

       

      探针设计策略

       

      芯片特点:

       

      · 一箭三雕 - 可同时检测circRNA、lncRNA和mRNA 

      · circRNA探针设计在反向剪接位点,特异性强

      · 技术成熟、灵敏度高:芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA

      · 实验周期短,数据分析方法成熟、快速

      · 收录lncRNA、circRNA全面、可靠,并及时更新

      · 功能机制预测,为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考,包括:

      高保守lncRNA;lncRNA结合蛋白预测;lncRNA生物学功能预测;lncRNA亚细胞定位;疾病相关lncRNA预测;super enhancer lncRNA;enhancer lncRNA;疾病相关circRNA预测。

       

      芯片技术参数: 

       

      物种

      芯片名称

      格式

      circRNAs

      lncRNA transcripts

      Super enhancer lncRNAs

      coding transcripts

      数据库来源

      SurePrint G3 Human ceRNA Microarray

      4x180K

      84569

      72002

      17652

      18793

      NCBI、UCSC、Ensembl、Gencode、lncpedia、lncrnadb、NONCODE、circBase

      小鼠

      SurePrint G3 Mouse ceRNA Microarray

      4x180K

      49175

      78264

      8024

       

      21611

      NCBI、UCSC、Ensembl、lncrnadb、NONCODE、RNAcentral、circBase、circpedia、TSCD

      样本要求:RNA≥200 ng ;  物种:人、小鼠

      关键词:
      • SBC ceRNA芯片

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